Bersamaan dengan dibentuknya Departemen Kebudayaan dan Pariwisata oleh Presiden KH Abdurrahman Wahid pada 1999, pengelolaan Museum Sumpah Pemuda diserahkan dari Departemen Pendidikan Nasional kepada Departemen Kebudayaan dan Pariwisata.
Penyerahan dilakukan Menteri Pendidikan Nasional, Yahya A. Muhaimin, kepada Menteri Kebudayaan dan Pariwisata, I Gede Ardhika. Seiring dengan perubahan struktur pemerintahan, Departemen Kebudayaan dan Pariwisata dijadikan Kementerian Negara.
Untuk menampung unit-unit yang tidak tertampung dalam Kementerian Negara Kebudayaan dan Pariwisata dibentuklah Badan Pengembangan Kebudayaan dan Pariwisata.
Baca juga: Catatkan Sejarah Baru, WTJJ Kantongi Pendanaan Hijau Rp 1,29 Triliun
Pengelolaan Museum Sumpah Pemuda yang semula ada di bawah Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata kemudian diserahkan kepada Badan Pengembangan Kebudayaan dan Pariwisata.
Bersamaan dengan reorganisasi di Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata, pengelolaan Museum Sumpah Pemuda kembali dilakukan Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata.
Pada awal 2012, Museum Sumpah Pemuda dikelola Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan melalui Ditjen Kebudayaan.
Dalam segala situasi, KOMPAS.com berkomitmen memberikan fakta jernih dari lapangan. Ikuti terus update topik ini dan notifikasi penting di Aplikasi KOMPAS.com. Download sekarang